Muzeum Uniwersytetu Jagiellońskiego wywodzi się z Gabinetu Archeologicznego Uniwersytetu, założonego w roku 1867 przez prof. Józefa Łepkowskiego. Jest więc najstarszym muzeum krakowskim. Od pierwszej chwili otrzymywało ono liczne dary i zapisy testamentowe. Dzięki takim darczyńcom jak Wł. ks. Czartoryski, W.Rastawiecki, A. Przeździecki, K.Rogawski i inni, a w 2 połowie XX w.,szczególnie dzięki Fr. K. Pusłowskiemu, zbiory dzieł sztuki Uniwersytetu można zaliczyć do jednych z najbardziej w Polsce liczących się kolekcji muzealnych. Po ostatniej wojnie zbiory Muzeum zostały uzupełnione o stare instrumenty naukowe i inne przekazy uniwersyteckie.

KOLEKCJA INSTRUMENTÓW NAUKOWYCH

Zbiór liczy ponad 2000 obiektów i obejmuje eksponaty z większości dyscyplin naukowych: astronomii, geodezji, nawigacji, fizyki, matematyki, chemii, biologii, miar i wag. Podstawę kolekcji stanowią przyrzady będące dawnym wyposażeniem pracowni uniwersyteckich, w tym pierwszej Katedry Fizyki powstałej w 1778 r., Obserwatorium Astronomicznego (1792 r.), I-szego Zakładu Chemicznego (1782 r.) i innych. Do najcenniejszych obiektów zaliczane są między innymi instrumenty astronomiczne datowane od XI do XIX wieku, globusy (XVI-XIX w.), naczynia chemiczne z końca XVIII w., zespół instrumentów kriogenicznych (2 poł. XIX w.).

KOLEKCJA MALARSTWA ZACHODNIOEUROPEJSKIEGO ( depozyt Wiktorii Osęki i Eweliny Lipko-Lipczyńskiej

Przekazana Muzeum w depozyt kolekcja 21 obrazów i 1 antycznej rzeźby, stanowiąca przemyślaną całość o wysokich walorach artystycznych. Tym co łączy te obrazy i decyduje o wyraźnej linii kolekcji to temat. Jest to przede wszystkim portret. W obrębie tego rodzaju obrazy prezentują różne szkoły malarskie od XVI do XIX wieku. Kolekcja jest eksponowana w salach z globusami w drugiej części stałej ekspozycji. 

KOLEKCJA KLISZ I FOTOGRAFII

W archiwum fotograficznym Muzeum UJ znajduje się ok. 35.000 starych negatywów i ponad 1000 fotografii. Na kolekcję składają się m.in. zbiory klisz czterech wybitnych krakowskich fotografów: Antoniego Pawlikowskiego, Józefa Kuczyńskiego, Stanisława Muchy i Stanisława Kolowcy. Kolekcja negatywów jako całość prezentuje m.in. architekturę Krakowa i innych miast z początku XX w. oraz dzieła sztuki - malarstwo sztalugowe, ścienne, witraże, rzeźbę, obiekty rzemiosła artystycznego i inne. Często klisze te posiadają unikatową wartość, ponieważ część zabytków uległa zniszczeniu lub zaginęła podczas II wojny światowej. Na osobną uwagę zasługują portrety fotograficzne profesorów wyższych uczelni Krakowa, polityków, wojskowych, aktorów, pisarzy i artystów. W kolekcji negatywów St.Muchy znajduje się zespół klisz legionowych z lat 1914-1916. Odrębną całość stanowią stare XIX-wieczne zdjęcia i dagerotypy. Część z nich to zdjęcia rodzinne wykonywane w pracowniach wybitnych krakowskich fotografów, by wymienić tylko W.Rzewuskiego, J. Sebalda, A. Szuberta, J. Miena, Fr.Kleina i I. Kriegera.

RZEŹBA

Dział sztuki zawiera także kolekcję rzeźby, w której wyróżniają się zbiory rzeźby średniowiecznej. Przykładem jej jest Madonna z dzieciątkiem z Prandocina, datowana na koniec wieku XIV czy kamienna rzeźba Michała Archanioła z końca wieku XV. Drugą grupę rzeźb stanowią obiekty nowożytne (rzeźba barokowa), wśród nich należy wymienić trzy brązowe modele anatomiczne tzw. écorché, wykonane przez Pietro Francavillę. Kolejną zaś, obiekty XIX i XX-wieczne, autorstwa między innymi Franciszka Wyspiańskiego, Konstantego Laszczki czy Igora Mitoraja.

KOLEKCJA GRAFIKI

Zbiór (ok. 5000 sztuk), obejmuje akwarele i rysunki artystów polskich z XV-XX wieku oraz ryciny (miedzioryty, akwaforty, litografie itp.) artystów polskich i obcych z XV-XX w. Znaczną część zbioru (ok. 1500 poz. inw.) stanowią materiały ikonograficzne i żródłowe dotyczące dokumentacji naukowej i konserwatorskiej zabytków polskich w XIX w., pochodzące z tzw. "Tek Łepkowskiego". Najwiekszy w Polsce zbiór  rysunków i grafik Feliksa Topolskiego oraz  Adama Hoffmana.

KOLEKCJA KLOCKÓW DRZEWORYTNICZYCH

Zbiór liczy ok. 3000 sztuk. W jego skład wchodzą między innymi klocki, z których odbijano w latach 1533-1534 drzeworyty w  Biblii Wittenberskiej z 1534 r., oraz Josta Ammana (Frankfurt, 1571) a także klocki o tematyce historycznej, astronomicznej, botanicznej i inne, pochodzące z dzieł drukowanych w XVI wieku w znanych drukarniach krakowskich (H. Wietora, F. Unglera, Ł. Andrysowicza, Szarffenbergów i innych).