Collegium Maius, usytuowane u zbiegu ulic Św. Anny i Jagiellońskiej jest najstarszym budynkiem uniwersyteckim w Polsce. Jego historia sięga roku 1400, kiedy król Władysław Jagiełło przekazał Uniwersytetowi kamienicę narożną Pęcherzów z Rzeszotar. Jej ślady zachowały się do dzisiaj w fundamentach i w narożniku Collegium Maius (od strony ul. Jagiellońskiej i dziedzińca) w postaci typowego dla XIV wieku tzw. "dzikiego muru" z kamienia wapiennego. Kamienica nie była duża i nie mogła zapewnić prawidłowego funkcjonowania szybko rozwijającej się Akademii. W ciągu całego XV wieku Collegium rozrasta się poprzez zakup sąsiednich domów i dobudowę kilku dalszych. Po pożarach w latach 1462 i 1492 połączono je w harmonijną całość, tworząc równocześnie arkadowy dziedziniec otoczony krużgankami, których rytm przerywają schody zwane "profesorskimi" prowadzące na ganek pierwszego piętra. Na parterze znajdowały się lektoria, czyli sale wykładowe. Były to długie, nisko sklepione pomieszczenia, ciemne i często wilgotne. Biblioteka (Libraria, dobudowana w latach 1515-1519), Izba Wspólna profesorów (Stuba Communis), skarbiec oraz Aula mieściły się na I piętrze. Mieszkania profesorów, czyli rezydencje, mieściły się na parterze, , na I i II piętrze. Aż do mniej więcej połowy XIX wieku wygląd i układ wewnętrzny Collegium nie uległ większym zmianom. Przeprowadzona w latach 1840-1870 przebudowa Collegium Maius w stylu neogotyckim wraz z przeznaczeniem budynku na siedzibę Biblioteki Jagiellońskiej, całkowicie zmieniły jego wygląd i charakter. Opuszczenie Collegium przez Bibliotekę w 1940 roku umożliwiło przeprowadzenie w latach 1949-1964, z inicjatywy prof. Karola Estreichera, kompleksowego odnowienia, połączonego ze zrzuceniem neogotyckiej przebudowy. Collegium Maius odzyskało swój oryginalny wygląd sprzed 1840 roku. Wówczas też zostało przeznaczone na siedzibę Muzeum Uniwersytetu Jagiellońskiego, w którym znalazły schronienie dawne zbiory uniwersyteckie (dzieła sztuki i pamiątki) oraz bogata kolekcja instrumentów naukowych. Choć bryła budynku pozostaje niezmieniona to we wnętrzach nadal prowadzi sie prace konserwatorskie, remontowe i modernizacyjne. W odnowionych lektoriach na parterze, umieszczono wystawę interaktywną. Centrum Promocji UJ, sklep muzealny NEGOTIOLUM i obsługa ruchu turystycznego znalazły swoje miejsce w odnowionym Lektorium Ptolemeusza. Sala Bernarda z Biskupiego to sala projekcyjna. Odnowiono tzw. Klatkę Studencką, w której zainstalowani windę, a na ścianach umieszczono gispowe odlewy rzeźb antycznych. Podziemia Collegium Maius, po gruntownym remoncie i przeprowadzonych pracach konserwatorskich stały się m. innymi miejscem konferencji w tzw. "Sali U Kazimierza Wielkiego", miejscem spotkań w urządzonej tutaj kawiarni "U Pęcherza", a wszystkie  pomieszczenia służą równocześnie jako sale wystawiennicze.

Wnętrza Collegium Maius pełnią również funkcje reprezentacyjne. Tutaj do dziś odbywają się najważniejszekonferencje naukowe, ale przede wszystkim posiedzenia Senatu UJ. W murach Collegium przyjmowani są wszyscy wybitni goście Uniwersytetu, jak np. Jan Paweł II, królowa brytyjska Elżbieta II ,para cesarska Japonii.  

kamienica Pęcherza	dziedziniec Collegium Maius w XIX w.	budynek Collegium Maius - stan obecny