Pracownia Konserwacji Dzieł Sztuki Muzeum UJ założona została pod koniec 1977 roku z inicjatywy prof. Stanisława Waltosia, dyrektora Muzeum UJ. W chwili obecnej obejmuje swym zakresem konserwację malarstwa, rzeźby, mebli oraz instrumentów naukowych i zegarów. Pracownia konserwacji malarstwa i rzeźby znajduje się w salach parterowych muzeum, w pomieszczenia, wzniesionych w latach 1516-1519 w czasie budowy Librarii. Tak zwana Długą Sień prowadząca z dziedzińca posiada sklepienie kolebkowe z lunetami. Na ścianach polichromia imitująca dźwigające belkowanie arkady z archiwoltami o łuku obniżonym, wspartym na pilastrach. Na sklepieniu dekoracja o motywach ukwieconej wici roślinnej  z filigranem w typie renesansowym. Poniżej lunet sklepienia wieńce z liści i kwiatów pośród wici roślinnej. W ścianie wschodniej i zachodniej dwa renesansowe kamienne portale. Sala Konserwatorska  nakryta jest również  sklepieniem kolebkowym z lunetami i oświetlona trójdzielnym oknem. Nisza w ścianie zachodniej, zamknięta łukiem ozdobiona jest malowidłem przedstawiającym scenę Ukrzyżowanie Chrystusa i dwóch łotrów oraz z postaciami matki Boskiej i św. Jana Ewangelisty. Na sklepieniu dwa medaliony z hierogramem Marii i Jezusa oraz cztery monumentalne figury świętych: Piotra i Pawła oraz zapewne Matki Boskiej i Jana Ewangelisty, umieszczone pośród motywów roślinnych. Na ścianach poniżej lunet malowane girlandy z kiści owoców i liści podwieszone na wstęgach. Na ścianie północnej  i w niszy okiennej girlandy, motywy roślinne i rozeta. Na ścianie wschodniej iluzjonistyczne malowidło z przedstawieniem barokowej szafy. Portal o charakterze późnogotyckim. Pierwotnie to pomieszczenie  przeznaczone było na mieszkanie, wzmiankowane w 1641 roku jako habitatio sub Bibliotheca. W 1766 roku mieszkanie     to opisano jako rezydencję sklepioną, nowo reparowaną i malowaną. Później mieściło się tu archiwum uniwersyteckie.  Dekoracja malarska tych pomieszczeń posiada analogie do motywów znanych z małopolskiego malarstwa miniaturowego, dekoracji drewnianych stropów renesansowych  i późnorenesansowych, motywów używanych we fryzach podstropowych    i wreszcie elementów zdobniczych stosowanych przez Stanisława Samostrzelnika zarówno w malarstwie miniaturowym jak w malowidłach ściennych  w kościele i klasztorze OO. Cystersów w Mogile. (informacja na podstawie opracowania dr Andrzeja Włodarka)

Przedstawiamy Państwu kilka przykładów pracy konserwatorów, a także przegląd prac konserwatorsko-budwlanych przeprowadzonych w budynku Collegium Maius z inicjatywy dyrektora Muzeum UJ prof. Stanisława Waltosia w czasie ostatnich 25 lat

W 2005 roku, Pracownia Konserwacji Dzieł Sztuki, Dział Malarstwa,  przy współpracy z pracownikami naukowymi Wydziału Konserwacji i Restauracji Dzieł Sztuki ASP w Krakowie, przystąpiło do projektu badawczego Kolekcja portretów profesorów Uniwersytetu Jagiellońskiego od XVI do XVIII wieku. Badania technologiczne obrazów i ich znaczenie dla określenia charakterystyki krakowskiego cechu malarskiego, którego celem jest opracowanie historyczne i technologiczne zespołu 35 nowożytnych  portretów profesorów Akademii Krakowskiej znajdujących się w zbiorach Muzeum. Środki na przeprowadzenie badań pozyskano z amerykańskiej Fundacji Getty`ego, będącej częścią The J. Paul Getty Trust.