Muzeum Uniwersytetu Jagiellońskiego szczyci się wysokiej klasy kolekcją sztuki zdobniczej (około 7000 obiektów) . Najcenniejsze obiekty, wśród nich wyroby złotnicze, tkaniny, ceramika, meble, naczynia cynowe,  mosiężne,  brązy złocone,  wypełniają wnętrza stałej ekspozycji,  nadając każdemu z nich niepowtarzalny charakter .Wiele dzieł sztuki złotniczej,  jak insygnia rektorskie,  w tym berło tzw. królowej Jadwigi jest przechowywanych od średniowiecza w murach Collegium Maius,  uczestnicząc w burzliwych losach uczelni. Wiele spośród nich to zapisy testamentowe osobistości związanych z Akademią Krakowską,  jak jedyne zachowane na świecie berła kardynalskie,  zapisy kardynała Zbigniewa Oleśnickiego i Fryderyka Jagiellończyka,  czy unikalne w swoim rodzaju pastorał i infuła po opacie Janie Ponętowskim.

Najstarszą historycznie część zbiorów sztuki zdobniczej tworzą najcenniejsze dziś obiekty pozyskane przez prof. Józefa Łepkowskiego do założonego przez niego Gabinetu Archeologicznego UJ,  z tak słynnych wówczas kolekcji,  jak krakowska Władysława Czartoryskiego,  warszawska Aleksandra Przeździeckiego,  Edwarda barona Rastawieckiego,  ołpińska Karola Rogawskiego,  są to wyroby złotnicze,  szkła,  majoliki włoskie, meble.

Dzięki prof. Karolowi Estreicherowi pozyskano w 1953 r. 100 eksponatów z kolekcji rodzinnej Pusłowskich,  a w 1968 r.,  po śmierci bezpotomnej Franciszka Ksawerego Pusłowskiego pozostałą część zbiorów. Obiekty z tej kolekcji,  makaty haftowane ( k. XVII wieku) marszałka Francji F.de Crequi,  meble gdańskie,  stały się chlubą Muzeum Uniwersytetu Jagiellońskiego.

Osobną grupę przedmiotów z działu Rzemiosła Artystycznego tworzą pamiątki uniwersyteckie,  narodowe,  przedmioty o różnej wartości materialnej,  zawsze przez swój bezpośredni związek z losami konkretnych osób (najczęściej profesorów i uczniów uniwersytetu) silnie przemawiające do wyobraźni widza.