LIBRARIA

Dawna biblioteka Collegium Maius. Na szczególną uwagę zasługuje późnogotyckie sieciowe sklepienie tworzące aż 30 pól. Do Librarii wchodzi się przez gotycki portal z około 1492 roku, zwany Porta Aurea, Złotą Bramą. Obok marmurowych i gipsowych popiersi uczonych i artystów, portretów profesorów oraz darczyńców, eksponowane są trzy zrekonstruowane  instrumenty Mikołaja Kopernika: triquetrum, sfera armilarna i kwadrant.

STUBA COMMUNIS

Do końca XVIII wieku izba zebrań i jadalnia profesorów mieszkających w Collegium. Za zrekonstruowanymi stołami wznoszą się dębowe schody z Gdańska, z początku XVIII wieku. Z Gdańska pochodzi również szafa barokowa (XVIII w.), w której eksponowane są wyroby ze srebra (XVII-XIX w.) i zegar wieżyczkowy z XVII w. Na zrekonstruowanej boazerii  kolekcja naczyń cynowych z XVII-XIX w. W gotyckim wykuszu (XV w.) rzeźba z około 1380 r. przedstawiająca króla Kazimierza Wielkiego.

SKARBIEC

W oszklonym sejfie, między licznymi cennymi przedmiotami, eksponowane są insygnia rektorskie: berła z XV wieku, łańcuch i pierścienie. Szczególne miejsce w skarbcu zajmuje "Globus Jagielloński" (1 poł. XVI w.), będący w rzeczywistości mechaniczną  sferą armilarną z globusem w środku. Po raz pierwszy w historii kartografii globusowej pokazana została na nim Ameryka z napisem America noviter reperta. Po przeciwnej stronie, przy oknie, jedyny zachowany rysunek Wita Stwosza, będący projektem ołtarza w Kościele Karmelitów w Norymberdze, dziś w katedrze w Bamberdze. W drugiej części skarbca na szczególną uwagę zasługują pamiątki po królu Stanisławie Auguście Poniatowskim, kielich wenecki z XV wieku z namalowanym około 1500 r. herbem króla Jana Olbrachta albo Aleksandra Jagiellończyków, kałamarz, który służył posłom i senatorom do podpisywania w 1791 roku Konstytucji 3 Maja oraz "trofea" artystyczne Andrzeja Wajdy (m. in. Oscar).

POKOJE PROFESORSKIE

Dwie zrekonstruowane rezydencje profesorskie. W pierwszej zamieszkiwał kiedyś profesor Antoni Żołędziowski (zm.1783), rektor Uniwersytetu w czasie Reformy Kołłątajowskiej (1777-1780). Jego portret malowany przez T.Konicza (1767) wisi na draperii zakrywającej drzwi,  którymi dawniej wchodzono z ganku. Drugi pokój urządzony jest meblami i pamiątkami po Ambrożym Grabowskim, gen. Józefie Chłopickim  i poecie Kazimierzu Brodzińskim.

POKÓJ KOPERNIKA

Nazwa pokoju pochodzi od stałej ekspozycji poświęconej Mikołajowi Kopernikowi, który w Uniwersytecie studiował w latach 1491-1495. Obok kilku jego portretów z XVIII wieku oraz XVII-wiecznej kopii portretu ojca Kopernika, eksponowany jest unikatowy zespół instrumentów astronomiczno-astrologicznych z 2 poł. XV wieku (astrolabium, torquetum i globus nieba) oraz arabskie astrolabium, wykonane w 1054 r. w Kordobie.

AULA

Zwana Jagiellońską, najstarsza aula Uniwersytetu. Dziś jest miejscem promocji habilitacyjnych, nadawania tytułu doktora honoris causa oraz inauguracji niektórych międzynarodowych konferencji naukowych. Przy ścianie od wejścia stalle (ławy) dla publiczności, naprzeciw stalle członków Senatu, w środku Katedra Rektora i prorektorów. Na ścianach galeria portretów królów polskich, biskupów krakowskich, a przede wszystkim rektorów i profesorów Uniwersytetu ( XVI - XX w.).

II CZĘŚĆ EKSPOZYCJI UDOSTĘPNIANA JEDEN RAZ W CIĄGU DNIA (w soboty zamknięta)

SCHODY REKTORSKIE

Reprezentacyjna klatka schodowa ozdobiona francuskimi makatami księcia dr Crequi z XVII wieku. Tędy wchodzą przez bramę od ul. Św. Anny i sień koło mieszkania św. Jana Kantego, najdostojniejsi goście Uniwersytetu Jagiellońskiego.

MIESZKANIE ŚW. JANA KANTEGO

Pomieszczenie, w którym mieszkał św. Jan Kanty, składajace się dawniej z dwóch izb. Obecnie kaplica św. Jana Kantego. Tutaj 22 czerwca 1983 roku modlił sie papież Jan Paweł II, który w tym dniu otrzymał godność doktora  honoris causa wszechnauk Uniwersytetu Jagiellońskiego. Blisko wejścia statua świętego noszona podczas wielkiej  procesji w 1755 roku. Nad nią baldachim wykonany również na tę okazję. Za rzeźbą oryginał tablicy fundacyjnej Bursy Jerozolimskiej z 1453 roku, na której uwieczniono m. innymi postać kardynała Zbigniewa Oleśnickiego z modelem bursu w ręku. W głębi pomnik nagrobny profesora Akademii.

ZIELONA SALA

Salon Collegium Maius. Na ścianach obok obrazów Jana Matejki, a wśród nich słynnego Portretu Marii Pusłowskiej (1871) i bardzo wczesnego Władysława Białego w Dijon (ok. 1868) oraz obrazów Artura Grottgera i Jacka Malczewskiego,  kilka znakomitych przykładów malarstwa zachodnioeuropejskiego (m.innymi: Venus i Amor Jana Matsysa, 1561r., Duch ojca Hamleta na zamku w Elsynor Eugene Delacroix). Na ściane wspaniały fransuski gobelin l`Arc de triomphez z  XVII wieku, którego symbolika wskazuje jednoznacznie na "króla słońce", Ludwika XIV. Pamiątki po Fryderyku Chopinie, a pośród nich fortepian Pleyel z 1847 r., na którym grywał kompozytor w czasie swojego pobytu w Szkocji.