Darczyńcami Muzeum Uniwersytetu Jagiellońskiego w latach 2006 - 2007 byli:
MINISTERSTWO KULTURY I DZIEDZICTWA NARODOWEGO
WOJEWÓDZTWO MAŁOPOLSKIE
REKTORAT UNIWERSYTETU JAGIELLOŃSKIEGO
FUNDACJA DLA UNIWERSYTETU JAGIELLOŃSKIEG
INSTYTUT ARCHEOLOGII UNIWERSYTETU JAGIELLOŃSKIEGO
OBSERWATORIUM ASTRONOMICZNE UNIWERSYTETU JAGIELLOŃSKIEGO
ZAKŁAD FIZYKI JĄDROWEJ INSTYTUTU FIZYKI UJ
ZAKŁAD BIOCHEMII LEKARSKIEJ COLLEGIUM MEDCIUM UJ
WYDZIAŁ KULTURY URZĘDU MIASTA KRAKOWA
CARLSBERG – POLSKA S.A - OKOCIM
FUNDACJA „ENERGETYKA NA RZECZ POLSKI POŁUDNIOWEJ –„JAWORZNO”
THE KOŚCIUSZKO FOUNDATION - USA
PANI PEGGY GRANT - USA
PAN ZIJAD RAOOF – KRAKÓW
POWSZECHNY ZAKŁAD UBEZPIECZEŃ S.A.
PANI MAŁGORZATA BADOWSKA I PAN TADEUSZ URBAN – ŁÓDŹ
PROF. ADAM STRZAŁKOWSKI - KRAKÓW
PAN WOJCIECH BUCZEK – ŁÓDŹ
PAN HENRYK SOBAŃSKI – KRAKÓW
HEWLETT-PACKARD
PANI PROF. MARIA NIEDZIELSKA - KRAKÓW