Zegar obecny jest czwartą konstrukcją w dziejach Collegium Maius.Pierwszy mechanizm zegarowy powstał zapewne przed rokiem 1465, bowiem z tego roku pochodzi wiadomość o naprawie zegara "znacznych rozmiarów”. Zniszczony  w roku 1492 przez pożar, odbudowany dzięki staraniom władz Akademii i królowej Elżbiety Rakuszanki, zegar wskazywał czas przez kolejnych kilkadziesiąt lat. Trzecią fundację zegara stanowiła w roku 1522 dotacja profesora i dobrodzieja Akademii Krakowskiej Macieja z Miechowa. Powstał wówczas zegar niezwykły, w którym symbole słońca i księżyca poruszały się wraz z mechanizmem. Nieznane są okoliczności, w których zegar przestał działać.Zegar współczesny uruchomiono 30 września 2000 roku. System komputerowy uruchamia pochód postaci historycznych i towarzyszący mu motyw muzyczny, który jest fragmentem „muzyki” dworskiej z tabulatury Jana z Lublina, datowany na połowę XVI wieku i instrumentalną wersję pieśni akademickiej Gaudeamus Igitur.W orszaku poruszają się figury osób związanych z dziejami Akademii Krakowskiej: pedel, królowa Jadwiga, król Władysław Jagiełło, św. Jan z Kęt, Hugon Kołłataj i rektor Stanisław ze Skalbmierza.
Twórcą rzeźb, wykonanych w późnych latach 50-tych XX wieku, jest rzeźbiarz ludowy Władysław Kozyra.

Zegar uruchamiany jest codziennie o godzinach: 9.00, 11.00, 13.00, 15.00, 17.00