Wydział Prawa i Administracji

Wydział Filologiczny
Instytut Filologii Angielskiej
Instytut Filologii Germańskiej
Instytut Filologii Klasycznej
Instytut Filologii Orientalnej
Instytut Polonistyki
Instytut Filologii Romańskiej
Instytut Filologii Słowiańskiej
Instytut Filologii Wschodniosłowiańskiej
Katedra Językoznawstwa Ogólnego i Indoeuropejskiego
Katedra Filologii Węgierskiej
Studium Praktycznej Nauki Języków Obcych
Nauczycielskie Kolegium Języków Obcych
Podyplomowe Studia dla Tłumaczy
Studia Podyplomowe "Szkoła Retoryki"

Wydział Filozoficzny
Instytut Filozofii
Instytut Psychologii
Instytut Religioznawstwa
Instytut Socjologii
Katedra Europeistyki

Wydział Historyczny
Instytut Historii
Instytut Etnologii
Instytut Archeologii

Wydział Matematyki, Fizyki i Informatyki
Instytut Matematyki
Instytut Fizyki
Zakład Fizyki Statystycznej w Instytucie Fizyki
Instytut Informatyki
Obserwatorium Astronomiczne

Wydział Chemii

Wydział Biologii i Nauk o Ziemi
Instytut Geografii
Instytut Nauk Geologicznych
Instytut Biologii Molekularnej i Biotechnologii
Instytut Nauk o Środowisku
Instytut Zoologii
Instytut Botaniki

Wydział Zarządzania i Komunikacji Społecznej
Instytut Bibliotekoznawstwa i Informacji Naukowej
Instytut Spraw Publicznych
Instytut Sztuk Audiowizualnych
Instytut Wynalazczości i Ochrony Własności Intelektualnej
Instytut Zarządzania
Katedra Komunikowania i Mediów Społecznych
Międzynarodowa Szkoła Dziennikarstwa

Wydział Studiów Międzynarodowych i Politycznych

Collegium Medicum
Klinika Hematologii
Katedra Protetyki Stomatologicznej
Katedra i Klinika Endokrynologii
Szkoła Zdrowia Publicznego
I Katedra Chirurgii Ogólnej
II Katedra Chirurgii Ogólnej

Biblioteka Jagiellońska

Jednostki administracyjne
Administracja Centralna
Biuro Jubileuszowe
Dział Nauczania
Biuro Współpracy Międzynarodowej UJ
Biuro Pełnomocnika Rektora d/s Osób Niepełnosprawnych
Uczelniany Ośrodek Komputerowo-Sieciowy

Wydawnictwo Uniwersytetu Jagiellońskiego

Muzeum UJ

Archiwum UJ

Fundacja dla UJ

Inne jednostki
Centrum Badań i Imprez Naukowych
Letnia Szkoła Języka Polskiego
Centrum Doskonalenia Językowego Nauczycieli Akademickich
Środowiskowe Laboratorium Analiz Fizykochemicznych i Badań Strukturalnych
Międzywydziałowy Zakład Studiów Amerykańskich
Polsko-Niemieckie Towarzystwo Akademickie
Zespół Pieśni i Tańca "Słowianki"
Centrum Fulbrighta dla Europy Środkowej i Wschodniej

Towarzystwo Asystentów UJ
Stowarzyszenie Absolwentów UJ
Związek Nauczycielstwa Polskiego